Il territorio di Pergola risulta abitato fin dalla preistoria, come testimoniano reperti dell’età neolitica, del bronzo e del ferro.

Diverse, inoltre, sono le tracce lasciate da successive popolazioni: umbre, etrusche e celtiche.

L’epoca romana è invece ben documentata: il ritrovamento di tombe, vasi e suppellettili varie, sia in città (stazione ferroviaria) sia in diverse località quali Grifoleto, Ferbole, Valrea, Monte Santa Croce, Monterolo, Montesecco e Cartoceto, testimoniano  una  romanizzazione assai diffusa.

Pergola nasce come libero Comune nel 1234 per creare posti di lavoro e commercio alle popolazioni dei vicini castelli e di Gubbio, la città che aveva giurisdizione sul territorio, estremo lembo del confine nord orientale dell’Umbria.

In pochi decenni il centro urbano si accresce di laboratori artigianali e diviene un importante luogo commerciale, a lungo conteso dagli Sforza, dai Malatesta, dai Montefeltro e dai Della Rovere.

Sotto la signoria dei Montefeltro registra un fortunato periodo di espansione che, dopo la parentesi di Cesare Borgia, prosegue con i Della Rovere, dai quali Pergola ottiene statuti che le assicurano una più ampia libertà e un nuovo sviluppo sociale ed economico.

Nel 1631, con il passaggio allo Stato Pontificio, il centro conosce un lungo periodo di decremento demografico e di difficoltà economiche, compensate solo in parte dal ciclico rifiorire dell’industria tessile e conciaria.

E’ nei secoli XVII e XVIII che Pergola raggiunge la sua massima espansione economica tanto che Papa Benedetto XIV con la Bolla "Romanum decet Pontificem" del 18 marzo 1752, la eleva al grado di Città e le concede la nomina di un laureato ecclesiastico a Vicario Generale Vescovile.

A conferma dell’importanza raggiunta, nel 1796 viene istituita la Zecca, che batterà moneta fino al 1799.

Nel 1797 Pergola viene occupata dalle truppe francesi e diviene parte del Regno Italico.

In questo periodo viene spogliata di preziose opere d’arte custodite nelle chiese, nei monasteri, nei palazzi pubblici e privati.

Il 1800 si apre con la restaurazione pontificia, un breve rifiorire dell’economia ma anche nuovi fermenti politici e civili.

L’8 settembre del 1860 Pergola è la prima città delle Marche ad insorgere contro il Regno Pontificio, favorendo l’annessione della regione al Regno d’Italia e guadagnandosi la Medaglia d’Oro per "benemerenze acquisite durante il periodo del Risorgimento Nazionale".

La raggiunta unità si accompagna però a nuove difficoltà sociali ed economiche, fugate dall’apertura della ferrovia Fabriano-Pergola-Urbino (distrutta nell’ultimo tratto dai tedeschi durante la Seconda Guerra Mondiale), la scoperta delle miniere di zolfo di Percozzone e Cabernardi (1877-1886), la realizzazione della raffineria del minerale a Bellisio Solfare, che sosterranno l’economia pergolese fino alla metà del ‘900.